支店や営業所が増えたら？法人住民税・事業税の分け方と従業員数の数え方

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はじめに｜拠点が複数ある法人にかかる地方税の仕組み

会社が成長して本社のほかに支店や営業所、工場などの拠点を新設することは非常に喜ばしいことです。しかし、複数の地域に拠点を展開すると、決算時の地方税（法人住民税・法人事業税）の申告実務が一気に複雑になります。

法人の法人住民税（法人税割）や事業税は、原則として事務所や事業所が所在する地方公共団体（都道府県や市町村）ごとに課税される仕組みになっています。そのため、複数の自治体にまたがって拠点を持つ法人の場合は、会社全体の課税標準額を一定のルールでそれぞれの自治体に割り振って税額を計算しなければなりません。この割り振りのための基準を「分割基準」と呼びます。

法人住民税と事業税で異なる「分割基準」の基本

地方税をそれぞれの自治体に分ける際、どの数値を基準にするかは「税金の種類」や「会社の業種」によって法律で明確に分けられています。

• 法人住民税（法人税割）の分割基準：業種にかかわらず、一律で「従業員の数」を基準にして分割します。
• 法人事業税の分割基準：特殊な業種（電気供給業、ガス供給業、倉庫業、鉄道・軌道事業など）を除き、以下のように業種によって計算方法が異なります。

業種	事業税の分割基準の計算式
非製造業（商業・サービス業など）	事務所等の数 × 1/2 ＋ 従業員の数 × 1/2
製造業	従業員の数

※なお、資本金1億円以上の製造業法人の場合、工場の「従業員の数」に2分の1を掛けた数をさらに加算するという特殊な補正を行います。

「事務所等の数」と「従業員の数」の正しい計算方法

分割基準で用いる「事務所等の数」と「従業員の数」は、単に決算日に営業所がいくつあるか、社員が何人いるかを数えればよいわけではありません。実務上、以下の算出ルールを厳密に守る必要があります。

事務所等の数｜「各月末日の合計」で算出する

事務所等の数は、事業年度の「各月末日」現在における拠点の数をすべて合計して算出します。 例えば、ある県の中に1年間（12ヶ月）を通じて1か所の営業所が存在し続けた場合、分割計算上の数値は「1」ではなく、1か所 × 12ヶ月 ＝ 「12」としてカウントして計算を行います。

従業員の数｜原則は「期末人数」だが例外もあり

巡回監査や決算時に重要となる従業員の数は、原則として「事業年度の期末（決算日）」現在の人数をベースにして計算します。ただし、期中に従業員の数が著しく変動した場合（例えば、繁忙期と閑散期があり、特定の月の最高人数が最低人数の2倍を超えているようなケース）は、期末の人数ではなく「各月末の平均人数」を用いて計算しなければなりません。また、事業年度の途中で新設されたり廃止されたりした事務所がある場合には、それに応じた月割の補正計算を行う必要があります。

実務で最も迷う「従業員数」に含める人・含めない人の判定表

地方税の分割計算を行う際、最も経理担当者を悩ませるのが「どの雇用形態まで従業員数にカウントすべきか」という点です。税法上の従業員数は、一般的な社会保険の扶養や労働法の定義とは異なる独自の基準があります。以下の判定表をしっかりとチェックしておきましょう。

【分割基準における従業員数のカウント判定】

社員等のタイプ	従業員数に含めるか	備考・注意点
アルバイト、パート、契約社員、嘱託社員	含める	雇用形態に関わらずカウント対象です。
取締役、監査役、非常勤役員	含める	役員であっても従業員数に算入します。
他社からの出向者	含める	実際にその拠点で勤務しているため含めます。
他社への出向者	含めない	自社籍であっても現場にいないため除外します。
派遣会社から派遣された者	含める	派遣スタッフも現場の労働力としてカウントします。
休職者（連続1か月以上）	含めない	連続1ヶ月以上の長期休職者は除外できます。
事業年度末日の退職者	含める	決算日に退職した人は期末人数に含めます。

トラブル回避のポイント

拠点ごとの地方税の分割計算は、一見すると単なる社内の人数割り振りのように思えますが、自治体間の税収に直結するため、税務調査や各自治体（都道府県・市町村）の監査において非常に厳しくチェックされる重要論点です。

特によくあるトラブルとして、「派遣社員や非常勤役員をうっかり除外して計算してしまった」「製造業なのに非製造業の計算式で按分してしまった」というミスが挙げられます。これにより、特定の自治体への申告額が不足していると判定された場合、あとから過少申告加算税や延滞税などのペナルティを課されるだけでなく、払いすぎていた自治体からの税金還付の手続きにも膨大な手間がかかるという二重の痛手を被ります。新しく拠点を設けた期や、出向・派遣等の人員構成が大きく変わった期は、自己判断で処理せず、事前に専門家へ確認して正確な地方税の分割明細書を作成することが、確実なトラブル回避へとつながります。

東京武蔵野会計のサポート内容

東京武蔵野会計は、クラウド会計や複数拠点のリアルタイムな財務管理に基づき、お客様の「未来を見据えた多店舗・他拠点展開」を強力にバックアップする会計事務所です。複雑な複数自治体への地方税申告まで、ミスなく有利な税務実務をサポートいたします。

• 貴社の業種（製造業・非製造業）や人員変動に完全に適合した、適正な地方税分割基準の事前判定
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• クラウド労務・給与システムと連動した、各拠点における月末末日人員の効率的な管理体制の構築
• 安心の「書面添付制度」標準採用による、複数自治体への地方税申告における明確な根拠提示と税務調査リスク低減
• 拠点の新設や統廃合に伴う財務・キャッシュフローへの影響を先回りしてシミュレーションする伴走型支援

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